Fachbereich Mikrobielle Genomik und Bioinformatik

Leitung: Regierungsdirektor PD Dr. Markus H. Antwerpen

Der „Funktionsbereich Mikrobielle Genomik und Bioinformatik" (FMG) forscht seit Sommer 2013 als eigenständige Gruppe auf dem Gebiet mikrobiellen Forensik und stellt als zentraler Funktionsbereich arbeitsübergreifend die (Vollgenom-)Sequenzierfähigkeit am Institut sicher.

Der Schwerpunkt liegt dabei auf der Next-Generation-Sequenzierung, die es ermöglicht nicht nur einzelne Genome zu betrachten, sondern auch in kurzer Zeit die genetischen Sequenzen mehrerer unterschiedlicher Genome zu vergleichen. Diese Ansätze können verwendet werden, um beispielsweise erworbene Resistenz- oder Virulenz-Gene zu identifizieren oder um Rückverfolgungsanalysen von Ausbruchsstämmen in einer bioforensischen Fragestellung zu unterstützen. Somit stellt sie eine Schlüsseltechnologie zur Entwicklung molekularer Diagnostika, aber auch für Aufklärungen bei Ausbruchuntersuchungen dar.

In Zusammenarbeit mit dem Zentralbereich Diagnostik, den beiden Kompetenzbereichen für Bakteriologie und Virologie, sowie den Konsiliar- und Referenzlaboren generiert, analysiert und bewertet die FMG deshalb genomische und metagenomische Informationen aus relevanten Untersuchungsmaterialien und stellt diese den Kooperationpartnern innerhalb des Instituts z.B in Form von Rohdaten, Datenbanken oder Berichten zur Verfügung. Zusätzlich entwickelt und etabliert sie geeignete Methoden oder Prozesse zur Probenbearbeitung und Datenauswertung. Die aus den Ergebnissen erworbenen Erkenntnisse fließen in die verwendeten diagnostischen Algorithmen ein und ermöglichen eine rasche Anpassung auf aktuelle Geschehen.
Wo fachlich und wissenschaftlich sinnvoll, kooperiert sie darüber hinaus mit nationalen und internationalen Kooperationspartnern aus dem militärischen und zivilen wissenschaftlichen Umfeld.

Projekte

• Vergleichende Genomanalysen im Rahmen von Ausbruchsuntersuchungen;
• Evaluation der ortsunabhängigen Sequenzierung mittels neuartiger Geräteplattformen;
• Einsatz von Metagenomanalysen zur unterstützenden Identifizierung von pathogenen Erregern in klinischen Proben;