Netzwerke
Deutschen Zentrums für Infektionsforschung
Das Institut für Mikrobiologie der Bundeswehr bildet seit 2010 zusammen mit der Technischen Universität München, der Ludwig-Maximilian-Universität und dem Helmholtz-Zentrum den Partnerstandort München des Deutschen Zentrums für Infektionsforschung (DZIF).
Konsiliarlabor
Das Institut betreibt seit 2010 das deutsche Konsiliarlabor für Brucella, seit 2014 das deutsche Konsiliarlabor für Pest und seit 2015 das deutsche Konsiliarlabor für Frühsommer-Meningoenzephalitis (FSME).
Zentrums für Infektionsmedizin München
Das Institut ist seit 2010 Mitglied des Zentrums für Infektionsmedizin München, einem Zusammenschluss zahlreicher infektiologisch tätiger Institutionen am Standort München.
INSTAND-Ringversuche
Das Institut ist Sollwertlabor für die INSTAND-Ringversuche auf dem Gebiet der Francisella-, Coxiella-, und Anthrax-Diagnostik.
Technischen Universität München
Im Jahr 2013 wurde ein Kooperationsvertrag mit der Technischen Universität München abgeschlossen. Kooperationspartner ist das Institut für Mikrobiologie, Immunologie und Hygiene sowie des Instituts für Virologie.
Universität Stuttgart-Hohenheim
Im Jahr 2016 wurde ein Kooperationsvertrag mit der Universität Stuttgart-Hohenheim abgeschlossen.
Bayerisches Landesamt für Gesundheit und Lebensmittelsicherheit
Im Jahr 2021 wurde ein Kooperationsvertrag mit dem Bayerische Landesamt für Gesundheit und Lebensmittelsicherheit abgeschlossen.
